Une équipe de chercheurs du Massachusetts General Hospital (MGH), du Brigham and Women’s Hospital (BWH) ainsi que du Broad Institute du MIT et de Harvard a mis au point un test génétique non invasif visant à analyser le sang des femmes enceintes afin de rechercher dans tous les gènes d’éventuels variants présents chez le fœtus (cf. Un DPNI qui crible tous les chromosomes). Ils ont publié leurs travaux dans le New England Journal of Medicine [1].
Une méthode très sensible
L’équipe a évalué le test en examinant des échantillons de sang prélevés chez 51 femmes enceintes [2]. Elle a constaté que le test est capable d’identifier des variants hérités de la mère, ainsi que ceux qui ne sont pas présents chez elle. Pour 14 grossesses qui ont fait l’objet d’un dépistage « standard », le test non invasif a conduit à détecter « tous les variants cliniquement pertinents » identifiés par ailleurs.
Les chercheurs ont en outre observé que la méthode était « très sensible » quant il s’agit de détecter des modifications de bases uniques de l’ADN, ou de « petites insertions et délétions » présentes dans le génome fœtal mais pas dans le génome maternel, et ce quelle que soit la quantité d’ADN fœtal détectée [3].
Des développements à venir
« Notre étude suggère qu’il est possible d’analyser la plupart des gènes du fœtus à l’aide d’un test sanguin sans recourir à une procédure invasive telle que l’amniocentèse », indique Michael E. Talkowski, directeur du Centre de médecine génomique du MGH, et auteur principal de l’étude.
L’équipe travaille actuellement avec d’autres chercheurs « afin d’élargir et de valider ces résultats et de poursuivre le développement des méthodes » (cf. DPNI : Traquer, quitte à se tromper). « Notre analyse comparative suggère qu’il y a encore de la place pour l’optimisation », estime Christopher Whelan, docteur en informatique au Broad Institute et co-auteur de l’étude. « La plupart des variants actuellement identifiés avec une analyse standard de l’exome [4] pourraient être accessibles [à ce DPNI] avec un développement plus poussé des méthodes », estime-t-il. Il ne s’agit « pas actuellement » d’un test clinique.
Complément du 05/01/2024 : Une équipe de chercheurs de l’hôpital universitaire d’Odense et de l’université du Danemark méridional a elle aussi mis au point un test de séquençage de l’exome, baptisé desNIPT. Ils ont publié leurs travaux dans le New England Journal of Medicine [5].
Ils ont évalué leur test sur 36 femmes enceintes, démontrant « son efficacité » selon les chercheurs. Des échantillons de sang ont été prélevés au cours du 1er ou du 2e trimestre. Sur les 36 grossesses, des « altérations pathologiques » ont été identifiées pour 11 enfants à naître au total. Par la suite, les résultats obtenus par le desNIPT ont été comparés à ceux du séquençage conventionnel de l’exome effectué par prélèvement de villosités choriales ou par amniocentèse.
« En appliquant la nouvelle méthode d’analyse, nous avons réussi à identifier tous les variants génétiques responsables de maladies qui étaient auparavant détectées par des examens invasifs du fœtus », affirme Ieva Miceikaité, du département de recherche clinique de l’université du Danemark méridional, auteur de l’étude. L’analyse n’a révélé aucun « faux positif »[6].
Pour Martin Larsen, chef du projet et professeur associé au département de recherche clinique de l’université du Danemark méridional, « ce test ouvre la possibilité de dépister beaucoup plus de maladies génétiques à l’avenir, y compris celles qui ne peuvent pas être révélées par les échographies ». Il doit à présent être « validé dans une étude plus large ».
[1] Brand, H et al, High-Resolution and Noninvasive Fetal Exome Screening, New England Journal of Medicine (2023). DOI: 10.1056/NEJMc2216144
[2] A différents stades de la grossesse.
[3] La précision serait supérieure à 90% selon les chercheurs.
[4] L’exome est la partie du génome constituée des parties des gènes qui sont exprimées pour synthétiser des protéines. L’exome d’un être humain représente environ 1,2 % de son génome.
[5] Ieva Miceikaitė et al, Comprehensive Noninvasive Fetal Screening by Deep Trio-Exome Sequencing, New England Journal of Medicine (2023). DOI: 10.1056/NEJMc2307918
[6] Dépistage d’une maladie, à tort
Sources : Medical Xpress, Massachusetts General Hospital (22/11/2023) ; Medical Xpress, University of Southern Denmark (04/01/2024)
