Des chercheurs publient un « pangénome » de l’homme

Publié le 11 Mai, 2023

Hier, des chercheurs ont dévoilé « une nouvelle représentation du génome humain ». Ce « pangénome » améliore la représentation précédente « en incluant une grande diversité de personnes afin de mieux refléter la population mondiale ». Son objectif est l’identification des fondements génétiques des maladies et les nouveaux moyens de les traiter (cf. Séquençage du génome : 60 nouvelles maladies génétiques identifiées).

Ces travaux ont été menés par the Human Pangenome Reference Consortium, qui rassemble des scientifiques financés par le National Human Genome Research Institute américain (NHGRI)[1]. Leurs travaux ont notamment été publiés dans la revue Nature Biotechnology [2].

47 individus, bientôt 350

« Un pangénome n’est pas seulement un génome de référence, mais une collection entière de génomes divers. En comparant ces génomes, nous pouvons établir une carte non pas d’un seul individu, mais d’une population entière de variations », explique Benedict Paten, chercheur en génomique à l’université de Californie à Santa Cruz et co-directeur du consortium.

En moyenne, le génome de chaque personne varie d’environ 0,4 % par rapport à celui d’une autre personne. Pour construire ce pangénome, les chercheurs ont collecté les génomes de 47 personnes d’ascendances diverses [3]. Mais il s’agit d’une première étape. En effet, les scientifiques entendent augmenter ce nombre à 350 d’ici un an.

Une meilleure identification des variants

En 2003, des chercheurs avaient dévoilé ce qui avait été présenté comme le séquençage complet du génome humain, bien qu’environ 8 % du génome n’ait pas été entièrement déchiffré (cf. La carte du génome humain presque complète). Ce « génome de référence » était « une mosaïque provenant d’une vingtaine de personnes, dont 70 % d’un individu d’ascendance mixte européenne et africaine ». Le premier génome humain « complet », basé sur un seul individu européen, a été publié l’année dernière (cf. Human Genome Project : la carte complète dévoilée).

« Pour avoir un ordre d’idée, à chaque fois que l’on séquence un nouveau génome on découvre approximativement 10.000 variants nouveaux ! », indique Pierre Marijon, bio-informaticien à l’Institut de biométrie médicale de Düsseldorf. « La plupart de ces variants sont sans conséquence, mais ça prouve l’importance de mieux connaître la diversité pour identifier ceux qui ont des conséquences. »

En effet, en utilisant ce pangénome comme référence pour l’analyse génomique, les chercheurs ont constaté une augmentation de la détection des variants structurels de 104% par rapport à celle réalisée à l’aide de la référence standard. Pour l’identification des « petits variants », qui ne sont constitués que de quelques bases, l’augmentation est de 34%.

Un coût important et des questions éthiques

Le financement apporté au consortium sera d’environ 40 millions de dollars sur cinq ans, précise le NHGRI. En outre, the Human Pangenome Reference Consortium comprend un groupe dédié à l’éthique. Ce groupe s’intéresse à la question du consentement éclairé, à la hiérarchisation de l’étude de différents échantillons, notamment pour élargir la population représentée, et aux « éventuelles questions réglementaires relatives à l’adoption clinique ».

Les promesses d’une médecine « plus prédictive » nous conduiront-elles à accepter des analyses génétiques « qui pourront révéler des informations que l’on préfère ignorer », par exemple sur notre généalogie ? « La balance bénéfice-risque n’est pas toujours évidente à calculer… »

 

[1] Il fait partie des National Institutes of Health (NIH)

[2] Benedict Paten, A draft human pangenome reference, Nature Biotechnology (2023). DOI: 10.1038/s41586-023-05896-xwww.nature.com/articles/s41586-023-05896-x

[3] Chaque personne étant porteuse d’un ensemble de chromosomes appariés, l’un hérité de la mère et l’autre du père, la référence actuelle comprend en fait 94 séquences génomiques distinctes.

Sources : Phys.org, University of California (10/05/2023) ; Medical Xpress, NIH/National Human Genome Research Insitute (10/05/2023) ; Reuters, Will Dunham (10/05/2023) ; Le Figaro, Vincent Bordenave (10/05/2023) – Photo : iStock

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