L’échographie permet de détecter certaines malformations ou anomalies du développement fœtal. Dans ce cas, la recherche d’une cause génétique peut être entreprise, à l’aide d’un caryotype[1] et d’une analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA)[2]. Dans environ 38% des cas, ces analyses permettent de déterminer la cause du trouble, mais dans « plus de 60% de ces grossesses il n’y a pas de diagnostic et aucun élément pouvant orienter un conseil génétique ». Par ailleurs, « chez des enfants atteints d’une pathologie présumée génétique, le séquençage de l’exome entier, ensemble des parties codantes du génome, apporte le diagnostic d’une cause génétique dans 25 à 35 % des cas où le caryotype et l’ACPA sont négatifs ». Cet examen « permet de diagnostiquer de nouveaux variants, soit hérités soit apparus « de novo », et des variants antérieurement identifiés dans les bases de données comme probablement pathogènes ».
Dans une étude menée à l’université de Columbia à New York, le séquençage de l’exome entier a été proposé à des parents suite à la découverte d’anomalies structurelles à l’échographie. Dans 10% des cas, cette analyse a permis de diagnostiquer une mutation génétique en association avec le phénotype. Dans 20% des cas, le séquençage de l’exome entier « a identifié des mutations qui étaient potentiellement pathogènes mais sans preuve suffisante pour confirmer un lien de causalité avec l’anomalie structurelle ». Cette découverte de « mutations sans signification connue ou sans rapport avec les résultats échographiques pose d’importants problèmes éthiques ». De fait, la pratique du séquençage de l’exome entier au cours de la grossesse représente une analyse de données complexe.
[1] qui peut montrer des anomalies des chromosomes (aneuploïdies).
[2] qui identifie des anomalies chromosomiques de petite taille en perte ou en gain.
Journal International de Médecine, Catherine Vicariot (26/02/2019)
