Des chercheurs développent une technique pour reconstruire des génomes entiers sur un PC

Publié le 21 Sep, 2021

Des scientifiques du Massachusetts Institute of Technology (MIT) et de l’Institut Pasteur ont mis au point « une technique permettant de reconstruire des génomes entiers, y compris le génome humain, sur un ordinateur personnel ». La technique est « cent fois plus rapide que les approches actuelles de pointe », quand elle utilise « un cinquième des ressources ». Leurs travaux ont été publiés dans la revue Cell Systems[1].

Ainsi, avec cette méthode « inspirée de la manière dont les mots, plutôt que les lettres, offrent des composants de base condensés » du langage, les données du génome sont représentées de manière « plus compacte ».

« Nous pouvons rapidement assembler des génomes et métagénomes entiers, y compris des génomes microbiens, sur un modeste ordinateur portable », affirme Bonnie Berger, professeur de mathématiques au MIT et auteur de l’étude. Une capacité qui permettrait par exemple d’« évaluer les modifications du microbiote intestinal liées aux maladies et aux infections bactériennes, comme la septicémie, afin de pouvoir les traiter plus rapidement et sauver des vies ». En outre, « nous pouvons traiter des données de séquençage avec moins de 4% de taux d’erreur », ajoute-t-elle. Ce qui « ouvre la porte à la démocratisation de l’analyse des données de séquençage » (cf. L’« arme puissante » du séquençage génétique, nouvel « enjeu de pouvoir » pour les gouvernements).

 

[1] Cell Systems, Ekim et al.: “Minimizer-space de Bruijn graphs: Whole-genome assembly of long reads in minutes on a personal computer, DOI: 10.1016/j.cels.2021.08.009

Source : Phys.org, Cell Press (14/09/2021) – Photo : Free-Photos de Pixabay

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