Un « ChatGPT » pour générer des outils d’édition du génome

Publié le 23 Avr, 2024

Des chercheurs ont développé une « nouvelle technologie d’intelligence artificielle générative » qui peut générer des outils d’édition génétique. Ces travaux ont été dévoilés lundi par des scientifiques de la start-up Profluent, basée à Berkeley en Californie. Ils seront présentés le mois prochain lors du congrès annuel de l’American Society of Gene and Cell Therapy.

Vers des éditeurs plus performants ?

La technologie est similaire à celle employée par ChatGPT. De même que ChatGPT apprend à générer du langage en analysant divers textes, issus d’articles, de livres, la technologie développée par Profluent crée de nouveaux outils d’édition génétique après avoir analysé d’« énormes quantités » de données biologiques, y compris « les mécanismes microscopiques » que les scientifiques utilisent pour éditer l’ADN. Ainsi, au lieu de suites de caractères et de mots, ce sont des suites d’acides aminés qui sont analysées, décrypte le PDG de Profluent, Ali Madani. Les chercheurs espèrent ainsi mettre au point des éditeurs plus « agiles » et plus « puissants ».

Alors que les outils CRISPR se fondaient sur des mécanismes observés dans la nature, ceux générés par Profluent sont « nouveaux », assure James Fraser, professeur au département de bioingénierie de l’université de Californie, à San Francisco. Elles n’ont « jamais existé sur Terre », affirme-t-il, bien que le système ait « appris » de la nature comment les créer.

Un outil en « open source »

Profluent a indiqué avoir utilisé l’un de ces outils d’édition génétique pour éditer de l’ADN humain et le proposer en « open source ». Baptisé OpenCRISPR-1, il pourra être testé par les laboratoires gratuitement. L’IA qui a été utilisée pour le générer n’est, elle, pas rendue disponible en open source.

D’autres équipes travaillent à mettre au point des IA pour des applications médicales. Ainsi, des chercheurs de l’université de Washington utilisent les méthodes qui sont derrière ChatGPT et Midjourney [1] pour créer des protéines « entièrement nouvelles », dans le but d’accélérer le développement de vaccins ou de médicaments.

L’éditeur généré par Profluent n’a pas encore fait l’objet d’essais cliniques. Ses « performances » par rapport à CRISPR restent à déterminer.

 

[1] Générateur d’images

Sources : The New York Times (22/04/2024) ; The Deccan Herald (23/04/2024)- Photo : iStock

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