Le dialogue entre science et foi est un des thèmes majeurs du pontificat de Jean-Paul II comme en témoigne l’audience accordée par le pape au recteur et au conseil de l’Universtié Nicolas Copernic de Torun. Rappellant sa visite de 1999, Jean-Paul II a invité les universitaires à dépasser l’opposition, héritée des Lumières.  "Entre la vérité que l’on atteint par la raison et celle que l’on obtient par la foi (…) On comprend désormais de mieux en mieux qu’il s’agit de la même vérité et que les hommes qui cherchent à l’atteindre par des voies différentes ne sont pas seuls, puisqu’ils recherchent la confirmation de leurs intuitions dans la rencontre des autres."

Dans une interview donnée à Radio Vatican le 23 novembre, Mgr Rino Fisichella, recteur de l’Université Pontificale du Latran, précise que les résultats de la science ne sont pas neutres et qu’ils ont besoin d’être accompagnés du sens de l’homme donné par la foi. "Les conquêtes de la science (doivent) êtres accompagnées par un sens toujours plus profond de l’homme et de l’humanité."

Pour Mgr Fisichella parvenir à l’équilibre entre progrès scientifique et respect de la morale est possible "du moment que l’on respecte deux objectifs. Deux principes qui font partie de la doctrine sociale de l’Eglise qui jamais comme aujourd’hui réclament d’être appliqués avec fermeté : le respect de la dignité de la personne et le fait que la conquête scientifique et le progrès ne peuvent pas concerner une seule partie de l’humanité mais doivent concerner toute l’humanité dans son ensemble."