Lors des discussions sur le 7ème programme cadre (voir ci-dessus), les eurodéputés se sont félicités de la création d’un Conseil européen de la recherche (CER) pour soutenir la recherche de pointe et souhaitent que celui-ci bénéficie d’une vraie autonomie.

Ils souhaitent que le CER prenne la forme d’une agence exécutive qui deviendrait, après une brève période de transition, une structure indépendante.

La Commission européenne devrait donc présenter une proposition au Parlement et au Conseil à cet effet, en codécision, afin "de mettre en place un Conseil européen de la recherche en tant que structure permanente et juridiquement indépendante". D’ici 2008, selon les députés, les structures et les mécanismes du Conseil européen de la recherche devraient faire l’objet d’un examen indépendant.